Go Back   Diễn đàn Sinh học Việt Nam > Phòng thí nghiệm > Làm thí nghiệm với acid nucleic

Làm thí nghiệm với acid nucleic Tách chiết, đo OD, điện di, cắt giới hạn, ligation, biến nạp, cloning, blotting...

Trả lời
 
Ðiều Chỉnh Xếp Bài
Old 18-09-09, 21:55   #1
mura12345
Thành viên
 
mura12345's Avatar
 
Tham gia ngày: Oct 2008
Đến từ: Đại học Khoa học tự nhiên- ĐHQGHN
Bài gửi: 47
Thanks: 3
Thanked 3 Times in 3 Posts
Mình đang làm bài tiểu luận về " phương pháp xác định huyết thống dựa vào kĩ thuật di truyền" nên muốn hỏi mọi người mấy câu
- Hiện nay tại Việt Nam muốn xác định quan hệ huyết thống giữa bố mẹ và con người ta thường dùng trình tự lặp lại STR hay VNTR nào để so sánh, số trình tự lặp lại thường dùng là bao nhiêu để đảm bảo kết quả chính xác?
- Từ kết quả điện di tại sao có thể suy ra quan hệ huyết thống vì theo mình biết xác suất để có 2 người có trình tự và số lượng đoạn lặp lại giống hệt nhau là rất hiếm.
Mình chưa hiểu sâu lắm về qui trình của việc xác định huyết thống này nên nếu ai có tài liệu gì thì cho mình xin với. Rất mong mọi người giúp đỡ
Mail của mình là mura_12345@yahoo.com
mura12345 is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn

Sponsored Links
Old 19-09-09, 04:34   #2
Nguyễn Duy Hưng
Registered Users
 
Nguyễn Duy Hưng's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2006
Đến từ: Minas Tirith
Bài gửi: 174
Thanks: 1
Thanked 96 Times in 65 Posts
Có khá nhiều makers để làm paternity test, với STR hay VNTR thì so sánh độ dài hay số lần lập lại của trình tự đó. Tuy nhiên mình nghĩ muốn thấy đc sự khác biệt cỡ 1 Nu thì dùng mass spec mới chính xác đc, còn điện di thì 2 cái band đó hầu như thẳng hàng. Ngoài ra còn 1 số markers khác sử dụng RFLP để so sánh.
File Kèm Theo
File Type: pdf Genetic markers.pdf (1.02 MB, 121 lần tải)
Nguyễn Duy Hưng is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 19-09-09, 17:18   #3
mura12345
Thành viên
Thread starter
 
mura12345's Avatar
 
Tham gia ngày: Oct 2008
Đến từ: Đại học Khoa học tự nhiên- ĐHQGHN
Bài gửi: 47
Thanks: 3
Thanked 3 Times in 3 Posts
Nếu vậy cho mình hỏi nguyên nhân và cơ chế dẫn đến sự khác nhau về các đoạn lặp STR ở những người khác nhau.
- Có thể nói nếu các đoạn STR giữa 2 người khác nhau càng ít thì họ có quan hệ huyết thống càng gần không?
- Trong quá trình di truyền từ bố mẹ sang con cái tần số đột biến của các đoạn này là bao nhiêu? Và trường hợp giả sử như muốn xác định xem đứa con này là con của 1 ông A hay là con của em trai ông A ( trường hợp 2 chú cháu ấy) thì xác định thế nào?
mura12345 is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 19-09-09, 18:15   #4
Nguyễn Duy Hưng
Registered Users
 
Nguyễn Duy Hưng's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2006
Đến từ: Minas Tirith
Bài gửi: 174
Thanks: 1
Thanked 96 Times in 65 Posts
Marker chọn để sử dụng trong kiểm nghiệm huyết thống hay pháp y (forensic science) thì phải càng ít đột biến càng tốt, các đoạn STR có trình tự lập lại ngắn (1,2,3 bp) thì khả năng kéo dài hay thu ngắn dễ hơn. Lưu ý là giữa 2 ng bất kỳ thì sự khác biệt về cả bộ gene chỉ là 0.1%
Paternity test sử dụng cả STR và RFLP.
Paternity test chỉ cho xác suất cùng quan hệ huyết thống giữa 2 sample. Kết quả của các marker qua xử lý thống kê sẽ cho giá trị này, thường là p value. Mình ko rõ hiện nay p value cut off là bao nhiêu, đoán là 0.5%. Khi nhiều marker hơn đc sử dụng, thì p value cut off có thể nhỏ hơn. Các biomarker đang trong thời gian phát triển. Thường với các vấn đề có liên quan đến pháp luật thế này, marker phải đc approval trước khi thương mại hóa.
Giữa 2 ng có quan hệ huyết thống gần như chú và cháu thì vẫn có khả năng p value nhỏ hơn giá trị cut off dẫn đến kết luận: là cha con.
Nguyễn Duy Hưng is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 19-09-09, 20:15   #5
mura12345
Thành viên
Thread starter
 
mura12345's Avatar
 
Tham gia ngày: Oct 2008
Đến từ: Đại học Khoa học tự nhiên- ĐHQGHN
Bài gửi: 47
Thanks: 3
Thanked 3 Times in 3 Posts
Có thể nói rõ cho mình biết p value cut off là gì không?Hình như là 1 giá trị dùng trong thống kê ah? Cậu biết rõ qui trình chi tiết của việc xác định huyết thống có thể gửi cho mình được ko?
mura12345 is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 20-09-09, 04:35   #6
Nguyễn Duy Hưng
Registered Users
 
Nguyễn Duy Hưng's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2006
Đến từ: Minas Tirith
Bài gửi: 174
Thanks: 1
Thanked 96 Times in 65 Posts
Đó là phép phân tích ANOVA, nói nôm na là nó so sánh giữa 2 sample và đưa ra giá trị p, xác suất tối đa để giả thuyết H đúng 1 cách ngẫu nhiên (giả thuyết H có thể là 2 mẫu đó có cùng quan hệ huyết thống hay ko cùng quan hệ huyết thống)

Ví dụ p = 5% hay 0.05 nghĩa là có hơn 95% khả năng giả thuyết H đúng là do bản chất của nó. p cut off là giá trị p chuẩn để so sánh. Tùy vào mức tin cậy của phương pháp và yêu cầu về luật pháp mà giá trị p cut off này khác nhau. Thử nghiệm lâm sàng về thuốc chẳng hạn (clinical trial) thường đòi hỏi sự ngẫu nhiên phải rất thấp (vì liên quan đến sinh mạng của con người) nhưng nếu 1 nghiên cứu bình thường như ảnh hưởng của chế độ ăn lên chiều cao chẳng hạn thì lại ko cần giá trị cut off này thấp đến thế. Dù đều là lấy mẫu ngẫu nhiên trong cộng đồng.

Quay lại cái biomarker này, khi tìm ra 1 đoạn nào đó có khả năng sử dụng làm marker, nó sẽ đc screening trong 1 số lượng mẫu khá lớn (có thể lên đến vài nghìn người) để có đưa ra độ tin cậy (1-p). Nhóm nghiên cứu nào có marker đc approval và sở hữu patent thì tiềm năng thương mại hóa là rất lớn.
File Kèm Theo
File Type: pdf RT3017_C010.pdf (1.22 MB, 84 lần tải)
Nguyễn Duy Hưng is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 20-09-09, 09:34   #7
Đinh Duy Thành
Thành viên
 
Đinh Duy Thành's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2006
Đến từ: Hà Nội
Bài gửi: 210
Thanks: 391
Thanked 90 Times in 66 Posts
@ mura12345: Bạn thử nghĩ về hai vấn đề này nhé:

1. Số lần repeat của STR và VNTR có thể coi là alleles variation đúng không? Vậy thỉ STR/VNTR profile của mỗi người sẽ giống bố (mẹ) họ bao nhiêu %? Và giống theo cách nào?

2. Theo bạn, bộ gen của một người sẽ giống với ai nhiều hơn: Anh/em trai của họ hay bố của họ?
Đinh Duy Thành is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 20-09-09, 14:29   #8
mura12345
Thành viên
Thread starter
 
mura12345's Avatar
 
Tham gia ngày: Oct 2008
Đến từ: Đại học Khoa học tự nhiên- ĐHQGHN
Bài gửi: 47
Thanks: 3
Thanked 3 Times in 3 Posts
Theo mình nghĩ trong quá trình truyền thông tin cho con cái thì các STR và VNTR được truyền tuân theo đúng qui luật Menden nên dựa vào đó để tính xác suất 1 đoạn STR hay VNTR ở thế hệ con giống bố hay mẹ. Mình cũng cũng đang thắc mắc là trong quá trình truyền thông tin di truyền từ bố mẹ sang con đó xác suất xảy ra đột biến ở VNTR và STR là bao nhiêu? và tại sao các đoạn này có tính đa hình cao đến thế ( 1locus có rất nhiều allen)
- còn câu hỏi thứ 2 thì đúng là mình chưa nghĩ đến.Mong mọi ngừoi giải thích dùm được không
Đúng là những câu hỏi này làm mình nhận ra bản thân chưa hiểu rõ vấn đề là bao nhiêu. Hic
mura12345 is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 23-09-09, 17:34   #9
mura12345
Thành viên
Thread starter
 
mura12345's Avatar
 
Tham gia ngày: Oct 2008
Đến từ: Đại học Khoa học tự nhiên- ĐHQGHN
Bài gửi: 47
Thanks: 3
Thanked 3 Times in 3 Posts
Không ai giúp mình tiếp à? Có thêm 1 số câu hỏi nữa muốn hỏi mọi người: theo mình tìm hiểu thì để so sánh các đoạn VNTRs và STRs thường dùng 2 phương pháp: đối với VNTRs dùng enzim cắt giới hạn rồi lai Southern blotting để phát hiện, 1 số tài liệu thì ghi thêm là trước khi lai thì phải điện di để xác định chiều dài các đoạn cắt, còn đối với STRs là những đoạn lặp lại kích thước ngắn hơn thì lại dùng PCR với những đoạn oligo mồi đặc hiệu, sau đó thì điện di. Vậy tại sao lại áp dụng các phương pháp khác nhau như thế? sao không chỉ áp dung PCR và điện di đối với các đoạn VNTRs. Đâu là qui trình được áp dụng hiệu quả và phổ biến nhất?
Mong mọi người giúp mình nhé
mura12345 is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 01-10-09, 22:01   #10
viet23ht
Thành viên
 
viet23ht's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2008
Bài gửi: 124
Thanks: 10
Thanked 19 Times in 15 Posts
Sử dụng STR là chủ yếu vì dễ làm, str bền vững (ngắn nên ít bị tác động làm đứt gãy) với khả năng bị đột biến thấp. Tuỳ từng locus, có thể 1/10000 hoặc 1/20000 ...
STR dùng để phân tích có thể đã biết nghĩa, hoặc chưa biết nghĩa hoặc bảo nó vô nghĩa ...
Tham khảo kit ABI, Promega dùng nhận dạng nhé.
Hehe, mura được mấy chục mùa rau ngổ rồi mà xưng cậu tớ với Hưng thế
viet23ht is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Trả lời

Ðiều Chỉnh
Xếp Bài

Chuyển đến


vB 3.8.7 Copyright © 2000 - 2018, Jelsoft Enterprises Ltd.