Go Back   Diễn đàn Sinh học Việt Nam > Giảng đường > Tin sinh học

Tin sinh học Một bộ môn mới đầy triển vọng

Trả lời
 
Ðiều Chỉnh Xếp Bài
Old 10-09-10, 00:23   #21
BPThuy
Thành viên
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Cảm ơn bạn Nguyễn Duy Hưng, nó rất có ích với mình. Nhưng mình muốn có nhiều thông tin hơn nữa. Nếu bạn có tài liệu nói về vấn đề này chia sẻ với mình được không?
Hiện tại mình có lấy các dữ liệu về tương tác protein ở một số bài báo. Chẳng hạn:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2746753/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/10688190
Nhưng thực sự, tiếng anh và kiến thức chuyên ngành của mình chưa đủ trình để hiểu về phương pháp làm của tác giả, chỉ lấy các dữ liệu ở đó để so sánh với mô hình thôi.
Hi, thông cảm chút là mình là dân vật lý, mới chập chững đi vào tìm hiểu và làm về lĩnh vực này.
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 10-09-10, 06:09   #22
Nguyễn Ngọc Lương
Administrator
 
Nguyễn Ngọc Lương's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2005
Đến từ: Đại học Huế
Bài gửi: 2,143
Thanks: 157
Thanked 720 Times in 427 Posts
Protein interaction nó có thể là tiếp xúc trực tiếp hoặc phosphoryl hóa. Tiếp xúc trực tiếp mới cần mấy cái bạn Hưng nói chứ phosphoryl hóa thì chắc phải khác nhỉ?
__________________
Molecular biology is deceptively simple.
Method is everything but the devil is in the detail
Molecular biology and religion have one thing in common: you must have faith in what you can not see
Nguyễn Ngọc Lương is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 10-09-10, 09:01   #23
Nguyễn Duy Hưng
Registered Users
 
Nguyễn Duy Hưng's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2006
Đến từ: Minas Tirith
Bài gửi: 174
Thanks: 1
Thanked 96 Times in 65 Posts
@Bạn Thủy, cái yeast two-hybrid là cái nì
http://en.wikipedia.org/wiki/Yeast_two-hybrid
@ a Lương: nếu tinh sạch protein ra để nghiên cứu tương tác in vitro thì dùng mấy pp đóa. Còn làm in vivo thì em ko rành lắm.
Nguyễn Duy Hưng is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 11-09-10, 18:38   #24
BPThuy
Thành viên
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Cảm ơn bạn Hưng. Mình đã đọc phương pháp yeast two-hybrid (Y2H) và đã hiểu hơn một chút. Nhìn trên wikipedia có nhiều phương pháp quá, đọc xong loạn luôn,
Nhưng mình còn băn khoăn một chút về bản chất tương tác giữa các protein, nếu là tương tác trong nội bộ một protein để hình thành nên các bậc cấu trúc thì đúng là các tương tác: tĩnh điện và liên kết hydro, tương tác kỵ nước... Nhưng nếu các protein liên kết với nhau để thực hiện các chức năng sinh học thì có chính xác chỉ gồm có các liên kết trên không, hay còn loại liên kết nào khác, hoặc có thể ko gồm một số liên kết kể trên. Nếu có tài liệu hoặc trích dẫn về vẫn đề này chỉ cho mình nhé. Thanks.
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 11-09-10, 21:23   #25
Nguyễn Duy Hưng
Registered Users
 
Nguyễn Duy Hưng's Avatar
 
Tham gia ngày: Jan 2006
Đến từ: Minas Tirith
Bài gửi: 174
Thanks: 1
Thanked 96 Times in 65 Posts
Tương tác thì chỉ có mấy loại đó thôi, protein thì nó cũng phải theo hóa học chứ.
Làm tương tác protein nếu muốn hiểu cặn kẽ đến từng cấu tử nhỏ nhất thì ko đơn giản.
Hầu hết nghiên cứu là làm theo pp thực dụng, chỉ cần bít chúng nó có stick vào nhau hay ko là đc, còn stick như thế nào thì ko cần biết. Cái yeast two-hybrid cũng nằm trong dạng này thôi bạn.
Nguyễn Duy Hưng is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 11-09-10, 23:57   #26
BPThuy
Thành viên
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Có thể do mình là dân vật lý nên cách tiếp cận và nhìn nhận vấn đề có hơi khác.
Mình dù làm về tương tác protein, nhưng thực ra nó chỉ là bề mặt của vấn đề thôi. Chính xác hơn, thì mình đang nghiên cứu về tính chất scale-free của mạng phức hợp (complex network) chẳng hạn mạng xã hội, mạng intenet, mạng WWW, mạng điện, ... những đối tượng trong mạng này có quan hệ với nhau nhưng rất trừu tượng, có thể là mối quan hệ giữa người với người, đường link đến các trang web, ...
Mạng tương tác protein cũng là một đối tượng của mạng phức hợp. Giữa các protein có tương tác, và chỉ thấy nói rất chung chung rằng hai hay nhiều protein liên kết với nhau để thực hiện chức năng sinh học.
Tất nhiên, mình cũng không có tham vọng tìm hiểu cặn kẽ về tương tác protein trong sinh học và mình cũng không đi làm thực nghiệm về nó. Nhưng ít nhất cũng đang cố tìm hiểu xem thực chất cơ chế tương tác và phương pháp đo. Vì các thông tin mình đọc được đều không mấy rõ ràng. Cũng chưa thấy ở đâu nói rằng đó là các tương tác hóa, lý. Nếu là tương tác trong nội bộ protein thì tất cả các tài liệu đều nói rất rõ về các tương tác để hình thành nên các bậc cấu trúc.
Phải chăng chưa có khái niệm chính xác về cái gọi là tương tác giữa các protein?
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 12-09-10, 02:58   #27
BPThuy
Thành viên
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Mình đã đọc kỹ lại phương pháp Y2H, nguyên tắc của nó dựa trên quá trình phiên mã và dịch mã. Ở quá trình phiên mã, muốn xảy ra thì cần có yếu tố phiên mã (Transcription factor) là một protein liên kết với trình tự ADN kiểm soát việc phiên mã từ DNA sang mRNA. Protein này gồm: DNA-binding domain (DBD), Trans-activating domain (TAD), An optional signal sensing domain (SSD). Người ta tách các protein cần quan sát tương tác X, Y và gắn chúng vào AD, BD. Nếu X và Y tương tác thì AD-X và BD-Y sẽ gắn kết với nhau, quá trình phiên mã và dịch mã sẽ xảy ra ta sẽ quan sát được sản phẩm là protein mới tạo thành. Không rõ mình hiểu thế có đúng không?
Nhưng nếu quan sát hình vẽ trên
http://en.wikipedia.org/wiki/Transcription_factor
mình thấy AD và BD có ngăn bởi SSD, không hiểu nó liên kết kiểu gì?

Mặc dù, có vẻ tương tác protein là liên kết lý hóa, nhưng số liệu thực nghiệm 2008 của Saccharomyces cevisiae cho thấy một protein có số tương tác lớn nhất là với 90 protein khác!! Nói chung vẫn còn rất băn khoăn.
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 02-11-10, 19:51   #28
pththao
Thành viên
 
pththao's Avatar
 
Tham gia ngày: Apr 2010
Đến từ: Germany
Bài gửi: 257
Thanks: 165
Thanked 193 Times in 139 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi BPThuy View Post
Có thể giới thiệu một cách sơ lược về bài toán mình đang làm như sau: giả sử, ban đầu mạng tương tác protein chỉ gồm có n (2,3,4..) protein tương tác với nhau. Do quá trình nhân đôi và đột biến của gen nên các protein nhanh chóng được nhân lên. Chọn ngẫu nhiên một protein nào đó để nhân đôi được một protein mới. Do đặc điểm của quá trình nhân đôi và đột biến, nên mỗi lần nhân đôi, có một protein mới được hình thành, nó sẽ tương tác với tất cả các protein mà protein "mẹ" tương tác. Còn quá trình đột biến sẽ làm cho protein mới sẽ tương tác khác với protein mẹ. Phát triển mạng cho đến khi đạt đủ số protein thì dừng lại.
Bài toán mình đang nghiên cứu, khá thuần túy toán học, và rất đơn giản. Nhưng hiện tại cho kết quả khá phù hợp với thực nghiệm về tính chất thống kê.
Bạn có thể giải thích rõ nó phù hợp thế nào với thực nghiệm được không?
Với mô hình mà bạn khảo sát thì theo mình thấy đột biến không đóng vai trò lớn thì phải. Theo mình hiểu thì nếu bạn "xây" một mạng theo kiểu đó thì sẽ hình thành một mạng Scale-Free (theo bạn nhắc đến trong bài). Phải chăng bạn đang kiểm tra giả thiết xây dựng scale-free của mạng tương tác protein?
pththao is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 11-12-10, 11:20   #29
voh5
Thành viên
 
voh5's Avatar
 
Tham gia ngày: Oct 2008
Đến từ: Hà Nội
Bài gửi: 205
Thanks: 32
Thanked 99 Times in 55 Posts
Tin sinh, tin Sinh...
Em nghe đồn ở Viện CNSH dã được cung cấp một hệ thống phần mềm cho phân tích sinh tin học - chẳng biết là phần mềm gì nữa!!!
Cũng vừa đọc báo đấu-thầu, thấy Đại học Y cũng đang có thầu cho một hệ thống phần mềm phân tích chuyên dụng sinh-tin học, cũng không biết là phàn mềm gì nữa!
Có anh chị em nào biết hem nhỉ?
voh5 is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 11-12-10, 20:08   #30
Cao Xuân Hiếu
Administrator
 
Cao Xuân Hiếu's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2004
Đến từ: Gatersleben, Germany
Bài gửi: 1,552
Thanks: 113
Thanked 320 Times in 173 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi BPThuy View Post
Có thể giới thiệu một cách sơ lược về bài toán mình đang làm như sau: giả sử, ban đầu mạng tương tác protein chỉ gồm có n (2,3,4..) protein tương tác với nhau. Do quá trình nhân đôi và đột biến của gen nên các protein nhanh chóng được nhân lên. Chọn ngẫu nhiên một protein nào đó để nhân đôi được một protein mới. Do đặc điểm của quá trình nhân đôi và đột biến, nên mỗi lần nhân đôi, có một protein mới được hình thành, nó sẽ tương tác với tất cả các protein mà protein "mẹ" tương tác. Còn quá trình đột biến sẽ làm cho protein mới sẽ tương tác khác với protein mẹ. Phát triển mạng cho đến khi đạt đủ số protein thì dừng lại.
Bài toán mình đang nghiên cứu, khá thuần túy toán học, và rất đơn giản. Nhưng hiện tại cho kết quả khá phù hợp với thực nghiệm về tính chất thống kê.
Tuy nhiên mình đang muốn có những hiểu biết sâu hơn về mạng tương tác protein trong sinh học, bản chất của sự tương tác protein, cách nhận biết các protein tương tác với nhau, phương pháp đo đạc bằng thực nghiệm. Mình vẫn đang tìm kiếm tài liệu, nhưng chưa có gì khả quan.
Bạn Nguyễn Duy Hưng, nếu có những hiểu biết về vấn đề này có thể nói cụ thể hơn không?
Bất cứ thông tin chính xác nào cũng đều rất có ích với mình. Thanks.
Một vài nguyên lý sinh học mà chắc bạn cần luôn giữ trong đầu

1. thời gian tồn tại của 1 protein thực tế tương đối ngắn so với chu trình tế bào. Thế nên tế bào luôn chủ động điều khiển qtrinh tổng hợp mới, di chuyển và tương tác lẫn nhau của protein. Nói cách khác để 2 protein có thể gặp nhau đúng cách (hợp lý về lượng và thời gian) thì là kết quả tổng hợp của 1) sinh tổng hợp (bao gồm đóng mở, tăng giảm phiên mã, dịch mã); 2) vận chuyển chủ động; 3) tương tác đúng cách (vi môi trường tối ưu: được tạo ra bởi sự tham gia của các protein trong hệ thống)

2. bởi hoạt động trong 1 hệ thống được vi điều chỉnh phức tạp và nhạy cảm như vậy, đa số các đột biến (thay đổi mới) đều trở nên có hại với tế bào và bị đào thải dưới áp lực của chọn lọc tự nhiên nếu là đột biến ở giao tử thể. Tất nhiên luôn có 1 tỷ lệ nhất định những đột biến mới được tích lũy có thể thay đổi theo chiều hướng kéo dài tương tác nhất định lâu hơn (về thời gian), mạnh hơn (về hiệu quả cuối) hoặc hình thành tương tác với nhân tố mới (có thể là protein khác)

3. trở lại bài toán của bạn, một protein trong đời của nó sẽ phải "gặp gỡ" 1 số nhất định protein khác theo đúng trật tự và kế hoạch. Đột biến (biến đổi) có thể theo nhiều hướng (chính xác hơn là vô hướng) làm giảm, tăng hay thay đổi trật tự protein partners. Điều gì khiến bạn đặt xu hướng của CLTN là sẽ làm tăng số protein partners lên chứ không phải hướng khác? và như thế nào thì bạn xác định là dừng lại. Khi tất cả các vị trị (về mặt không gian) của protein đều bị chiếm? (đó là tương lai giả định?)

4. như các bạn đã thảo luận, hiện nay có tồn tại khá nhiều các phương pháp khác nhau để dự đoán, xác định và kiểm định tương tác protein. Do đó, nếu bạn muốn data (text) mining từ literature thì phải đặt thêm weight cho từng thông tin (connections).

sẽ còn tiếp tục thảo luận thêm. Nói chung tôi thích cách đặt vấn đề này. Bạn có cần trợ giúp về text mining?
Cao Xuân Hiếu is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Trả lời

Ðiều Chỉnh
Xếp Bài

Chuyển đến


vB 3.8.7 Copyright © 2000 - 2018, Jelsoft Enterprises Ltd.