Go Back   Diễn đàn Sinh học Việt Nam > Phòng thí nghiệm > Những vấn đề thực nghiệm khác

Những vấn đề thực nghiệm khác Tất cả những vấn đề thực nghiệm không thuộc các lĩnh vực trên hay không thể tách biệt rõ ràng xin mời trao đổi tại đây

Trả lời
 
Ðiều Chỉnh Xếp Bài
Old 04-01-09, 22:32   #1
vokhanhhung
Thành viên
 
vokhanhhung's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2008
Đến từ: Đồng Nai
Bài gửi: 57
Thanks: 47
Thanked 7 Times in 1 Post
Mình đang làm đề tài sequence và tạo cây sinh dòng (phylogenetic) của PRRSV_virus gây bệnh heo tai xanh hay hội chứng rối loạn hô hấp ở heo.
Ai có kinh nghiệm trong việc tạo cây sinh dòng và giải trình tự thì xin cho mình thọ giáo.
Ai muốn tìm hiểu về vấn đề này thì mình cùng bàn luận.
Rất mong sự tham gia và trao đổi của các bạn

Võ Khánh Hưng

Hãy cùng làm nền khoa học nước nhà phát triển
vokhanhhung is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn

Sponsored Links
Old 05-01-09, 09:52   #2
quang
Registered Users
 
quang's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2008
Đến từ: Japan (May be back in Hanoi since Oct 2009)
Bài gửi: 140
Thanks: 43
Thanked 30 Times in 19 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi vokhanhhung View Post
Mình đang làm đề tài sequence và tạo cây sinh dòng (phylogenetic) của PRRSV_virus gây bệnh heo tai xanh hay hội chứng rối loạn hô hấp ở heo.
Ai có kinh nghiệm trong việc tạo cây sinh dòng và giải trình tự thì xin cho mình thọ giáo.
Ai muốn tìm hiểu về vấn đề này thì mình cùng bàn luận.
Rất mong sự tham gia và trao đổi của các bạn

Võ Khánh Hưng

Hãy cùng làm nền khoa học nước nhà phát triển
Molecular evolution của virus là lĩnh vực rất phát triển hiện nay vì nó có vai trò quan trọng, mình rất thích lĩnh vực này và cũng đang nghiên cứu về nó nhưng trên đối tượng khác. Bạn có thể nói rõ về strategy của bạn được không? Bạn sẽ sequencing các locus nào? tại sao bạn chọn các vùng DNA ấy để tìm kiếm polymorphism? kích thước tổng số của các fragment bạn định sequencing là khoảng bao nhiêu? Bạn định chiến lược lấy mẫu DNA như thế nào? Rất vui nếu được thảo luận về vấn đề này vớibạn.
quang is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 17-01-09, 18:52   #3
vokhanhhung
Thành viên
Thread starter
 
vokhanhhung's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2008
Đến từ: Đồng Nai
Bài gửi: 57
Thanks: 47
Thanked 7 Times in 1 Post
Chào Quang và các bạn!
Mình dự định sequence vủng đọc mở 5 (ORF5) đây là trình tự qui định trình tự GP5 (do đoạn ORF5 PRRSV qui định) , là kháng nguyên trung hoà quan trọng nhất của virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp trên heo (PRRSV), có sự đa dạng di truyền cao giữa các chủng.
kích thước của đoạn ORF5 với cặp mồi mình dùng là 660 bp.
Mình sử dụng chương trình ntsys để xây dựng cây sinh dòng.
Mình đang cần chương tình DNAstar nhưng không có bản full
Quang và các bạn có kinh nghiệm gì trong phân tích tình tự DNA , xây dựng cây sinh dòng và chuyển trình tự DNA sang Protein, so sánh các trình tự protein, xin chỉ giáo với.

Võ Khánh Hưng
vokhanhhung is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 17-01-09, 20:06   #4
quang
Registered Users
 
quang's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2008
Đến từ: Japan (May be back in Hanoi since Oct 2009)
Bài gửi: 140
Thanks: 43
Thanked 30 Times in 19 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi vokhanhhung View Post
Chào Quang và các bạn!
Mình dự định sequence vủng đọc mở 5 (ORF5) đây là trình tự qui định trình tự GP5 (do đoạn ORF5 PRRSV qui định) , là kháng nguyên trung hoà quan trọng nhất của virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp trên heo (PRRSV), có sự đa dạng di truyền cao giữa các chủng.
kích thước của đoạn ORF5 với cặp mồi mình dùng là 660 bp.
Mình sử dụng chương trình ntsys để xây dựng cây sinh dòng.
Mình đang cần chương tình DNAstar nhưng không có bản full
Quang và các bạn có kinh nghiệm gì trong phân tích tình tự DNA , xây dựng cây sinh dòng và chuyển trình tự DNA sang Protein, so sánh các trình tự protein, xin chỉ giáo với.

Võ Khánh Hưng
chuyển DNA seq sang protein seq: phần mềm DnaSp, cái này down free tren mạng, bạn chỉ cần google thấy ngay, sử dụng cực đơn giản, nó chạy được trên window các loại. Ngoài ra cái này còn giúp tính toán hầu hết các thong số cơ bản của molecular evolution.
cây tiến hóa phân tử: cái hay dùng là PAUP, hoặc dùng MEGA cũng tạm ổn; cái đầu tiê thì phải mua còn cái sau thì free.
Bạn có thể phân tích vô cùng nhiều thứ hay ho nếu kiếm được sequence của đoạn gene đó với một số lượng mẫu đủ lớn và có tính đại diện có thể chấp nhận được, ví dụ: tiến hóa của các vùng chức năng của gene, cấu hình protein,...

Cuối cùng cho mình hỏi: mục đích cuối cùng của bạn là xây dựng cây tiến hóa dựa trêm cái trình tự đó hay là còn mục đích nào khác? mà xây dựng cây tiến hóa đó nhằm mục đích cụ thể gì?
quang is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 17-01-09, 21:22   #5
Nguyễn Phước Hùng
Registered Users
 
Nguyễn Phước Hùng's Avatar
 
Tham gia ngày: Apr 2005
Đến từ: ĐH KHTN TP HCM
Bài gửi: 161
Thanks: 9
Thanked 45 Times in 39 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi vokhanhhung View Post
Chào Quang và các bạn!
Mình dự định sequence vủng đọc mở 5 (ORF5) đây là trình tự qui định trình tự GP5 (do đoạn ORF5 PRRSV qui định) , là kháng nguyên trung hoà quan trọng nhất của virus gây hội chứng rối loạn sinh sản hô hấp trên heo (PRRSV), có sự đa dạng di truyền cao giữa các chủng.
kích thước của đoạn ORF5 với cặp mồi mình dùng là 660 bp.
Mình sử dụng chương trình ntsys để xây dựng cây sinh dòng.
Mình đang cần chương tình DNAstar nhưng không có bản full
Quang và các bạn có kinh nghiệm gì trong phân tích tình tự DNA , xây dựng cây sinh dòng và chuyển trình tự DNA sang Protein, so sánh các trình tự protein, xin chỉ giáo với.

Võ Khánh Hưng
Nếu bạn muốn có DNA full tui sẵn sàng upload lên cho bạn!
Nguyễn Phước Hùng is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 17-01-09, 21:24   #6
quang
Registered Users
 
quang's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2008
Đến từ: Japan (May be back in Hanoi since Oct 2009)
Bài gửi: 140
Thanks: 43
Thanked 30 Times in 19 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Nguyễn Phước Hùng View Post
Nếu bạn muốn có DNA full tui sẵn sàng upload lên cho bạn!
Chú Hùng upload lên đi, thanks nhiều. Chúc ăn tết (một mình???) đầm ấm nha.
quang is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 17-01-09, 21:37   #7
Nguyễn Phước Hùng
Registered Users
 
Nguyễn Phước Hùng's Avatar
 
Tham gia ngày: Apr 2005
Đến từ: ĐH KHTN TP HCM
Bài gửi: 161
Thanks: 9
Thanked 45 Times in 39 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi quang View Post
Chú Hùng upload lên đi, thanks nhiều. Chúc ăn tết (một mình???) đầm ấm nha.
Bác chờ em load lên, dùng link mediafire cho nó hoành tráng!
Chưa đến tết mà bác lại chúc em như thế thì chết em rồi còn gì, thôi vợ chồng bác qua bên em đón tết đi, ở Nhật chi cho nó buồn!

http://www.mediafire.com/file/oou4tj..._and_patch.rar
Nguyễn Phước Hùng is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 19-01-09, 17:47   #8
vokhanhhung
Thành viên
Thread starter
 
vokhanhhung's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2008
Đến từ: Đồng Nai
Bài gửi: 57
Thanks: 47
Thanked 7 Times in 1 Post
Cám ơn bác Quang và bác Hùng nhiều!!!
Mình giài trình tự đoạn ORF5 của PRRSV, dựa vào đó và các chủng vaccine, chủng gốc Châu Âu và Nam Mĩ, các chủng ở các tỉnh Việt Nam, Châu Á (Trug Quốc)... để xem sự biến đôi của nó, thuộc dòng nào, gần với dòng nào, chủng vaccine nào phù hợp để phục vụ cho phòng chống dịch cho từng vùng thực địa.
Ngoài ra, mình dựa vào trình tự DNA seq chuyển sang trình tự aminoacid seq, phân tích các motif aminoacid ( điển hình là signal peptide, extravirion domains, transmembrane regions, and intra-viron domains, primary neutralizing epitope (PNE), decoy epitope và những đột biến (R13 à Q13 và R151à G151) đây là những motif có vai trò quan trọng trong tín hiệu, vùng màng, những vùng đột biến mà ở đó làm giảm yếu tố độc lực.... Mình sẽ up lên những tài liệu mà liên quan đến những motif này. Các bác có quan tâm thì cùng mình bàn luận.
Thân ái!
Võ Khánh Hưng

Một lần nữa thanks bác Hùng và bác Quang, cám ơn diễn đàn đã có sân chơi bổ ích này.
vokhanhhung is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 19-01-09, 18:41   #9
vokhanhhung
Thành viên
Thread starter
 
vokhanhhung's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2008
Đến từ: Đồng Nai
Bài gửi: 57
Thanks: 47
Thanked 7 Times in 1 Post
tài liệu và PRRSV
https://rcpt.yousendit.com/643592250/30ecdb64a74489ee7f205ddc5c07d674

Võ Khánh Hưng
vokhanhhung is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 19-01-09, 19:04   #10
vokhanhhung
Thành viên
Thread starter
 
vokhanhhung's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2008
Đến từ: Đồng Nai
Bài gửi: 57
Thanks: 47
Thanked 7 Times in 1 Post
Bác Hùng ui!! cho em cám ơn bác lần nữa. em install rùi. Ngon lành. Em xin bản quyền của bác. Nếu ai cần em sẽ up lên để share cho mọi người. Được k??
Note: bác xài cái này chưa?? em đang ngâm cứu. Xin thỉnh giáo bác Hùng và các anh em....


Võ Khánh Hưng
vokhanhhung is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Trả lời

Ðiều Chỉnh
Xếp Bài

Chuyển đến


vB 3.8.7 Copyright © 2000 - 2017, Jelsoft Enterprises Ltd.