Go Back   Diễn đàn Sinh học Việt Nam > Giảng đường > Tin sinh học

Tin sinh học Một bộ môn mới đầy triển vọng

Trả lời
 
Ðiều Chỉnh Xếp Bài
Old 18-05-10, 08:48   #1
Ho Huu Tho
Thành viên
 
Ho Huu Tho's Avatar
 
Tham gia ngày: Feb 2010
Đến từ: Helsinki, Finland
Bài gửi: 1,712
Thanks: 693
Thanked 555 Times in 384 Posts
Tôi có đọc được bài giới thiệu về phần mềm thống kê R tại website mới của thầy Nguyễn Văn Tuấn ở đây. Tôi thấy rất hấp dẫn và muốn hỏi kinh nghiệm thực tế của các bạn đã từng sử dụng nó để có định hướng học về nó. Vậy nếu có bạn nào đã từng sử dụng thì làm ơn chia sẻ với mình đôi điều ở đây nhé.
Ho Huu Tho is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn

Sponsored Links
Old 18-05-10, 13:46   #2
Nguyễn Ngọc Lương
Administrator
 
Nguyễn Ngọc Lương's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2005
Đến từ: Đại học Huế
Bài gửi: 2,143
Thanks: 157
Thanked 716 Times in 424 Posts
Đúng là mình cũng thuộc nhóm lười. Cứ thấy dùng lệnh là bực cả mình rồi...
__________________
Molecular biology is deceptively simple.
Method is everything but the devil is in the detail
Molecular biology and religion have one thing in common: you must have faith in what you can not see
Nguyễn Ngọc Lương is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 20-12-10, 15:35   #3
cnvs
Registered Users
 
cnvs's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2010
Bài gửi: 3
Thanks: 2
Thanked 2 Times in 2 Posts
Nếu không thích dùng lệnh thì có thể sử dụng giao diện với R.

Mình nghĩ R rất hữu dụng vì mình có thể làm theo ý mình.
cnvs is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 20-12-10, 17:05   #4
Nguoi nhai
Thành viên
 
Nguoi nhai's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2008
Bài gửi: 146
Thanks: 42
Thanked 77 Times in 61 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi cnvs View Post
Nếu không thích dùng lệnh thì có thể sử dụng giao diện với R.

Mình nghĩ R rất hữu dụng vì mình có thể làm theo ý mình.
Mình cũng nghĩ vậy vì R có nhiều ứng dụng lắm mặc khác là download miễn phí mà k lo ngại và vấn đề bản quyền, tôi thích dùng R để vẽ đồ thị và chạy thống kê.
Tôi đang mài mò cách sữ dụng R để tạo cluster và chạy PCA. Anh chị em nào rành cái này có thể chia sẻ kinh nghiệm nhé.
Nguoi nhai is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 21-12-10, 12:12   #5
cnvs
Registered Users
 
cnvs's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2010
Bài gửi: 3
Thanks: 2
Thanked 2 Times in 2 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Nguoi nhai View Post
Mình cũng nghĩ vậy vì R có nhiều ứng dụng lắm mặc khác là download miễn phí mà k lo ngại và vấn đề bản quyền, tôi thích dùng R để vẽ đồ thị và chạy thống kê.
Tôi đang mài mò cách sữ dụng R để tạo cluster và chạy PCA. Anh chị em nào rành cái này có thể chia sẻ kinh nghiệm nhé.
Trong năm tới mình cũng sẽ đụng đến vấn đề của bác. Hi vọng sẽ liên lạc và học hỏi từ bác. Lúc trước mình có viết các modun nhỏ dạng linear or generalized linear models cho 1 package của thầy mình.
cnvs is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 21-12-10, 14:38   #6
Nguoi nhai
Thành viên
 
Nguoi nhai's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2008
Bài gửi: 146
Thanks: 42
Thanked 77 Times in 61 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi cnvs View Post
Trong năm tới mình cũng sẽ đụng đến vấn đề của bác. Hi vọng sẽ liên lạc và học hỏi từ bác. Lúc trước mình có viết các modun nhỏ dạng linear or generalized linear models cho 1 package của thầy mình.
Sẵn sàng thôi, nhưng mình cũng đang mày mò dò dẫm từ từ nè, rất khó để viết các câu lệnh như vậy mà tham khảo sách viết vẫn không đủ. Sách của thầy Tuấn k có đề cập vấn đề này. Chờ xem diễn đàn chúng ta sẽ có chuyên gia về vấn đề này xuất hiện.Thanks.
Nguoi nhai is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 22-12-10, 02:06   #7
moi-vao-nghe
Thành viên
 
moi-vao-nghe's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2010
Đến từ: LaBRI, Bordeaux
Bài gửi: 17
Thanks: 12
Thanked 7 Times in 4 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Nguoi nhai View Post
Sẵn sàng thôi, nhưng mình cũng đang mày mò dò dẫm từ từ nè, rất khó để viết các câu lệnh như vậy mà tham khảo sách viết vẫn không đủ. Sách của thầy Tuấn k có đề cập vấn đề này. Chờ xem diễn đàn chúng ta sẽ có chuyên gia về vấn đề này xuất hiện.Thanks.
Hi tất cả các bạn,

Quả thật, lần đầu tiên đăng nhập và sử dụng forum thật là phiền phức vì nó yêu cầu xác thực một vài điều. Nhưng đó cũng là thủ tục. Hy vọng mình có thể giúp ích gì cho các thành viên khác.

Mình đang nghiên cứu về Metabolic Network (một mảng trong Bioinformatics), sử dụng thường xuyên R. Quả thật, R là một ngôn ngữ lập trình dạng script và có thể dùng ngay tại trình thông dịch interpreter (giống như hệ điều hành DOS mà các bạn học trong môn Tin học đại cương thời xa xưa - không biết bây giờ có trường ĐH, CĐ nào ở mình dạy không nữa). Nghĩa là, bạn phải nhớ các câu lệnh và gõ gõ... tại dấu nhắc của trình thông dịch.

Qua tham khảo liên kết mà bạn Ho Huu Tho đưa trong bài viết, mình thấy có khá nhiều tài liệu hay và dễ đó. Tuy nhiên, tất cả viết bằng tiếng anh, có thể đó là trở ngại cho nhiều bạn.

Mặc dù vậy, nếu bạn nào có thắc mắc về R language có thể post ở đây, chúng ta cùng giải đáp.
moi-vao-nghe is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 22-12-10, 11:08   #8
Nguoi nhai
Thành viên
 
Nguoi nhai's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2008
Bài gửi: 146
Thanks: 42
Thanked 77 Times in 61 Posts
[quote=moi-vao-nghe;55095]Hi tất cả các bạn,

[quote=moi-vao-nghe;55095]Hi tất cả các bạn,

Cám ơn bạn nhiều lắm mới mong ước có chuyên gia xuất hiện bây giờ là đã xuất hiện rồi. Mình mở hàng câu hỏi đầu tiên cho chuyên gia nhé. Khi vẽ đồ thị như hình đính kèm, làm sao cho các con số của trục tung và trục hoành font là Time Roman và cở số là 10. Đây là scipt mà mình sữ dụng để vẽ đồ thị đó. Thanks


hist(NPK$grain_wt, main=" Histogram of grain weight", col='red',
border='blue', freq=FALSE, xlab="Y class", ylab="probability",xlim=c(0,4),ylim=c(0,1))
x <- seq(from=0, to=20, length=100)
x
y <- dnorm(x, mean(NPK$grain_wt),sd(NPK$grain_wt))
y
lines(x,y)
mtext("Fitting to a normal distribution")
Nguoi nhai is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 22-12-10, 22:44   #9
moi-vao-nghe
Thành viên
 
moi-vao-nghe's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2010
Đến từ: LaBRI, Bordeaux
Bài gửi: 17
Thanks: 12
Thanked 7 Times in 4 Posts
[QUOTE=Nguoi nhai;55115][quote=moi-vao-nghe;55095]Hi tất cả các bạn,

Trích:
Nguyên văn bởi moi-vao-nghe View Post
Hi tất cả các bạn,

Cám ơn bạn nhiều lắm mới mong ước có chuyên gia xuất hiện bây giờ là đã xuất hiện rồi. Mình mở hàng câu hỏi đầu tiên cho chuyên gia nhé. Khi vẽ đồ thị như hình đính kèm, làm sao cho các con số của trục tung và trục hoành font là Time Roman và cở số là 10. Đây là scipt mà mình sữ dụng để vẽ đồ thị đó. Thanks


hist(NPK$grain_wt, main=" Histogram of grain weight", col='red',
border='blue', freq=FALSE, xlab="Y class", ylab="probability",xlim=c(0,4),ylim=c(0,1))
x <- seq(from=0, to=20, length=100)
x
y <- dnorm(x, mean(NPK$grain_wt),sd(NPK$grain_wt))
y
lines(x,y)
mtext("Fitting to a normal distribution")
Đoạn mã của bạn mình không test để vẽ thêm được. Nhưng mình tìm một trang có nói về vấn đề đó. Xem liên kết:

http://www.statmethods.net/index.html
moi-vao-nghe is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 23-12-10, 01:54   #10
pththao
Thành viên
 
pththao's Avatar
 
Tham gia ngày: Apr 2010
Đến từ: Germany
Bài gửi: 257
Thanks: 165
Thanked 193 Times in 139 Posts
Chào mọi người, mình cũng đang hơi rắc rối với R. Mình đang viết chương trình clustering. Chương trình clustering built-in của R có sẵn một vài metric thông thường, nhưng không có cái mình cần "correlation." Có bạn nào biết gói thống kê cho phép người dùng định nghĩa metric xin chỉ giáo giùm :D
Viết một chương trình hoàn chỉnh không khó khăn gì nhưng tốc độ so với chương trình built-in giảm hẳn! Cái này dễ hiểu...
Thay đổi code của built-in function lại khá là khó khăn: đa số các chương trình kiểu thế được gọi từ một thư viện C hoặc Fortran, không thể can thiệp vào được.
pththao is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Trả lời

Ðiều Chỉnh
Xếp Bài

Chuyển đến


vB 3.8.7 Copyright © 2000 - 2017, Jelsoft Enterprises Ltd.