Go Back   Diễn đàn Sinh học Việt Nam > Giảng đường > Di truyền - Sinh học phân tử

 
Trả lời
 
Ðiều Chỉnh Xếp Bài
Old 05-07-11, 08:36   #1
BPThuy
Thành viên
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Các bác cho em hỏi: Trong quá trình dịch mã, sau khi aa cuối cùng được vận chuyển đến Ribosome và hình thành chuỗi polypeptide thì cơ chế nào giúp chuỗi peptide chui ra khỏi ribosomal tunnel? Bởi theo em biết thì bán kính của tunnel khá rộng cỡ 10A^o nên có vẻ không phải do các aa tự đẩy nhau ra?
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-07-11, 04:02   #2
orion8x
Thành viên
 
orion8x's Avatar
 
Tham gia ngày: Feb 2009
Đến từ: The Earth
Bài gửi: 593
Thanks: 8
Thanked 304 Times in 202 Posts
tunnel đó đc lấp đầy bởi nước, và có cấu trúc đặc biệt gồm các màng kị nước và hiếu nước gần nhau. Cấu trúc này kg hình thành liên kết với bất cứ aa nào, đóng vai trò như một màng "chống dính" cho chuỗi aa trượt dễ dàng.
P/s: 10 nm chứ kg phải 10A
orion8x is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-07-11, 11:17   #3
BPThuy
Thành viên
Thread starter
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Cỡ 10A^o mà bác, em đọc bài nào cũng thấy nói thế hết (bán kính nhé, tất nhiên là có chỗ rộng hơn và hẹp hơn, chiều dài mới là cỡ 100A^o=10nm): The complete atomic structure of the large ribosomal subunit at 2.4 A resolution. Science 2000, 289:905-920.
Bác cho em xin bài nói về vấn đề này với nhé, tiếng anh cũng ok. Thanks!
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-07-11, 11:25   #4
BPThuy
Thành viên
Thread starter
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Về mặt vật lý, nếu exit tunnel không liên kết với aa, thì vẫn có cần có lực đẩy hoặc kéo chuỗi peptide ra ngoài, nếu không thì cũng chỉ giống như bạn đang đứng yên trên một cái ống trơn, không ma sát mà thôi.
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-07-11, 14:57   #5
Chúc Thành
Registered Users
 
Chúc Thành's Avatar
 
Tham gia ngày: Feb 2011
Bài gửi: 31
Thanks: 13
Thanked 27 Times in 17 Posts
Cho tôi hỏi: Nếu không có lực đẩy thì liệu nó có tự chui ra ngoài theo chuyển động nhiệt hay không? Về nhiệt động thì chắc chắn nó tự thoát ra ngoài vì làm tăng entropy của hệ. Nhưng thời gian có đủ để thoát ra kiểu khuyếch tán hay không thì tôi không được rõ.
Chúc Thành is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-07-11, 15:16   #6
orion8x
Thành viên
 
orion8x's Avatar
 
Tham gia ngày: Feb 2009
Đến từ: The Earth
Bài gửi: 593
Thanks: 8
Thanked 304 Times in 202 Posts
Translation là basic mà bạn, ai đi làm mấy cái research article về translation cho mất thời gian hả bạn ^^.
Mình đọc trong Molecular Biology of The Cell - 5th, Alberts et al.

Năng lượng đc lấy từ GTP. GTP đc hydrolysed, năng lượng đc dùng để đầy ribosome về 3' end. poly peptide cũng từ đó mà đầy ra.
Cái này mình đoán sách nào cũng có ^^.

P/s: sorry, xớn xác ^^, 10-15A bán kính đúng oài.
orion8x is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-07-11, 15:53   #7
BPThuy
Thành viên
Thread starter
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Chúc Thành View Post
Cho tôi hỏi: Nếu không có lực đẩy thì liệu nó có tự chui ra ngoài theo chuyển động nhiệt hay không? Về nhiệt động thì chắc chắn nó tự thoát ra ngoài vì làm tăng entropy của hệ. Nhưng thời gian có đủ để thoát ra kiểu khuyếch tán hay không thì tôi không được rõ.
Hi, chính xác đấy là những gì mà em đang quan tâm, chuỗi peptide có thể chui ra ngoài theo chuyển động nhiệt vì được lợi về entropy. Tuy nhiên, thời gian này sẽ rất lớn, nên có vẻ không đúng với cơ chế sinh học xảy ra trong tế bào. Em đang muốn biết có bác nào từng đọc một bài nào đó về vấn đề cái gì kéo chuỗi peptide ra khỏi exit tunnel thì giới thiệu cho em.

Em đã mô phỏng nhiệt động quá trình hình thành chuỗi peptide nhỏ cỡ 50 - 70 aa và chờ chuỗi chui ra ngoài để gấp nếp nhưng mất rất nhiều thời gian, có vẻ là không hợp lý. Nên em đang tìm hiểu cái gì kéo chuỗi peptide ra ngoài?!

Với chuỗi lớn hơn, khả năng chui ra ngoài tốt hơn và nhanh hơn, vì sau khi chuỗi mọc đầy đủ, thì phần lớn các hạt trong chuỗi đã bị dồn ra phía ngoài đường hầm.
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-07-11, 16:08   #8
BPThuy
Thành viên
Thread starter
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi orion8x View Post
Năng lượng đc lấy từ GTP. GTP đc hydrolysed, năng lượng đc dùng để đầy ribosome về 3' end. poly peptide cũng từ đó mà đầy ra.
Cái này mình đoán sách nào cũng có ^^.
Em không phải dân Sinh nên hiểu biết và tài liệu rất hạn chế, nhưng em cần những thông tin và trích dẫn chính xác. Cảm ơn bác.
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-07-11, 16:55   #9
Chúc Thành
Registered Users
 
Chúc Thành's Avatar
 
Tham gia ngày: Feb 2011
Bài gửi: 31
Thanks: 13
Thanked 27 Times in 17 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi BPThuy View Post
Em đã mô phỏng nhiệt động quá trình hình thành chuỗi peptide nhỏ cỡ 50 - 70 aa và chờ chuỗi chui ra ngoài để gấp nếp nhưng mất rất nhiều thời gian, có vẻ là không hợp lý. Nên em đang tìm hiểu cái gì kéo chuỗi peptide ra ngoài?!

Với chuỗi lớn hơn, khả năng chui ra ngoài tốt hơn và nhanh hơn, vì sau khi chuỗi mọc đầy đủ, thì phần lớn các hạt trong chuỗi đã bị dồn ra phía ngoài đường hầm.
Tôi hỏi thêm chi tiết, nếu không phiền: Ống rộng 5-10 A, dài 100 A; chuỗi 50-70 của bạn dài bao nhiêu? Có thể đánh giá đơn thuần là một random walk trên một sợi dây không (ống trên polypeptide hoặc ngược lại)? Nếu không ma sát tôi thấy chỉ có thế, nhưng có thể bạn tính thêm các tương tác khác nên mới cần mô phỏng?

Thời gian mà bạn nói trong mô phỏng bao gồm thời gian thoát + thời gian folding, hay chỉ là thời gian thoát?

Đoạn bạn orion8x nói bạn có thể tìm đoạn tương tự ở T. A. Brown,Genome 3, Chapter 13.
Chúc Thành is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-07-11, 17:47   #10
BPThuy
Thành viên
Thread starter
 
BPThuy's Avatar
 
Tham gia ngày: Sep 2010
Bài gửi: 37
Thanks: 7
Thanked 9 Times in 7 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Chúc Thành View Post
Tôi hỏi thêm chi tiết, nếu không phiền: Ống rộng 5-10 A, dài 100 A; chuỗi 50-70 của bạn dài bao nhiêu? Có thể đánh giá đơn thuần là một random walk trên một sợi dây không (ống trên polypeptide hoặc ngược lại)? Nếu không ma sát tôi thấy chỉ có thế, nhưng có thể bạn tính thêm các tương tác khác nên mới cần mô phỏng?

Thời gian mà bạn nói trong mô phỏng bao gồm thời gian thoát + thời gian folding, hay chỉ là thời gian thoát?
Ống rộng 10A, dai 100 A, nếu chuỗi peptide được kéo thẳng thì dài cỡ 200A. Thời gian mô phỏng bao gồm cả thời gian thoát và cuốn, vì em quan tâm đến sự cuốn, nhưng với chuỗi ngắn, thậm chí nó cuốn luôn trong tunnel mà không chui ra. Và vì thời gian quá dài, nên em ko quan tâm nhiều đến kết quả mô phỏng vì nó không phù hợp nên phải đi tìm lại cơ chế kéo chuỗi peptide ra.

Không hiểu ý bác về đoạn: Có thể đánh giá đơn thuần là một random walk trên một sợi dây không (ống trên polypeptide hoặc ngược lại
BPThuy is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Trả lời

Ðiều Chỉnh
Xếp Bài

Chuyển đến


vB 3.8.7 Copyright © 2000 - 2014, Jelsoft Enterprises Ltd.