Go Back   Diễn đàn Sinh học Việt Nam > Giảng đường > Tin sinh học

 
Trả lời
 
Ðiều Chỉnh Xếp Bài
Old 23-06-09, 22:21   #11
duong
Registered Users
 
duong's Avatar
 
Tham gia ngày: Jun 2009
Bài gửi: 2
Thanks: 0
Thanked 0 Times in 0 Posts
Chào các bạn!
Mình thấy đây là một chủ đề rất hay. NCBI có rất nhiều công cụ hữu ích khác nhau.
Mình muốn thảo luận về một công cụ của NCBI đó là chương trình BLAST. Hiện nay chương trình này được sử dụng rất nhiều để định danh loài, tuy nhiên kiến thức của mình về lĩnh vực này còn hạn chế, mong nhận được sự chia sẻ kiến thức từ các bạn !
duong is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 11-05-10, 15:30   #12
Nguyễn Hoà Bình
Registered Users
 
Nguyễn Hoà Bình's Avatar
 
Tham gia ngày: Jul 2006
Đến từ: Học viên cao học K15 Sinh học, ĐH KHTN HN
Bài gửi: 38
Thanks: 0
Thanked 37 Times in 27 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi trần quang trí View Post
Thực ra,em cũng có hiểu sâu kĩ gì về giáo dục của Việt Nam và thế giới đâu mà đổ lỗi.Nhưng theo em nghĩ học đại học thì tự học là chính,đến trường chỉ để tổng hợp kiến thức và đặt vấn đề, đào sâu kthức...gì đó cùng thầy giáo và bạn bè.Tuy nhiên nếu để tự học thì em thấy nguồn tài liệu (cụ thể em học về CN sinh) còn rất ít và đúng là chưa sâu kĩ mà mới chỉ nêu lên các thông tin, kiến thức chung2, không giải thích cặn kẽ lắm,không có số liệu trích dẫn chính xác,....em nghĩ đấy là vì những kthức ấy ta dùng kết quả nghiên cứu của các nền kh.học khác.Mà tự tìm ra thì bao giờ cũng hiểu kĩ hơn là được chỉ cho.Thêm vào đó,có thể là do những người được gửi đi học nước ngoài về,chưa có điều kiện biên soạn những giáo trình chất lượng hay gì đó....em nghĩ thế?Vì đúng thực là kiến thức trong sách thì nhiều nhưng chẳng cái gì sâu cả.Tư duy bị giới hạn như thế cũng chẳng khác cấp 3 là mấy.Chẳng hạn như RNApolymerase bám vàoÁợi khuôn tại trình tự nhận biết rồi xúc tác lắp các ribonucleotit vào các nu phù hợp....đấy là sách viết chung2 như thế nhưng nếu được biết kĩ hơn 1 tí như cấu trúc RNApol ntn để phù hợp với trình tự nhbiết,xác suất bám vào TTNB của sợi khuôn cũng như xsuất của ribonu phù hợp với nu của sợi khuôn(mà chắc lquan đến PCR),ph.ứng xảy ra trong trung tâm hđộng để nối và dịch chuyển lên phía trước của RNApol,.....đấy là em cứ tưởng tượng thế chứ em có được học đâu.Mọi người chỉ cho em phải học ntn với.
Thực ra để gợi ra những vấn đề kĩ 1 chút và giải thích ở mức độ cho phép thì cũng đâu có mất nhiều thgian hay lời lẽ gì lắm.Quan trọng là sách ít gợi ra những thắc mắc mà em nghĩ là rất trẻ con ấy,kiểu như:tại sao lại xra được như thế,....cô giáo em bảo :học khoa học thì phải đa nghi và đa chiều.Ấy là em bức xúc thì nói vậy thôi chứ em cũng chẳng có hiểu gì cả.Mọi người cứ phản bác thoải mái đi vì em rất cần hiểu phần nào thực trạng những gì giáo dục Việt Nam đang có và thế giới đang có.
Sách hay như là người thấy tốt vậy.
Nếu bạn đã xác định làm nghiên cứu khoa học thì tiếng anh là điều kiện tối cần thiết, bạn chỉ có thể thu thập được các thông tin mình cần từ tài liệu tiếng Anh (thông tin cập nhật nhất). Đừng bao giờ chờ đợi sách dịch sang tiếng Việt. Tất cả bài báo đăng bằng tiếng Anh là tài sản chung của nhân loại chúng ta có quyền khai thác từ đó mà.
Nguyễn Hoà Bình is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 14-05-10, 16:40   #13
Mitita
Registered Users
 
Mitita's Avatar
 
Tham gia ngày: Apr 2010
Đến từ: HCMC
Bài gửi: 31
Thanks: 43
Thanked 15 Times in 12 Posts
Send a message via Yahoo to Mitita Send a message via Skype™ to Mitita
Đồng ý hoàn toàn với bạn Nguyễn Hòa Bình. Từ ngày cần phải đào sâu tìm hiểu khi làm seminar trên lớp, Mitita thực sự thấy được tầm quan trọng của tiếng Anh và kỹ năng tin học, lướt web. Bạn Trí có biết rằng trên you tube hiện nay vô số video mô phỏng các quá trình sinh học rất đẹp và dễ hiểu không, cũng như rất nhiều trang web như dnatube, dnalc cung cấp nhiều clip về thí nghiệm sinh học. Nếu bạn chưa biết nhiều thì có thể bắt đầu bằng google và các từ khóa thích hợp. Còn sách thì như bạn Bình đã nói, sách dịch không hay được như sách gốc, không có tiền mua thì lên đây xin e-book các thầy cô anh chị nè. Nếu họ có chắc họ sẽ sẵn sàng chia sẻ thôi.

Bonus 1 clip khá hay về transcription và translation nè ^_^
http://www.youtube.com/watch?v=41_Ne...eature=related

Mitita cũng xin đóng góp thêm 1 chức năng của NCBI mà Mit mới khám phá ra gần đây :D
Primer designing tool:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/pr...OC=BlastHomeAd
Nó có thể tự thiết kế cho ta 1 cặp mồi thích hợp, hoặc test cặp mồi của mình xem có chuyên biệt với gene mục tiêu không, còn có thể bắt cặp với những gene nào khác của loài đó nữa. Kool! ^_^
Chắc còn nhiều chức năng nữa, mọi người cùng Mit khám phá nhé :D
Mitita is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Thanked by
Old 15-05-10, 00:57   #14
Biologist
Thành viên
 
Biologist's Avatar
 
Tham gia ngày: Aug 2006
Đến từ: U.S.A.
Bài gửi: 127
Thanks: 8
Thanked 124 Times in 67 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Đặng Trần Hoàng View Post
Hiện nay NCBI là một cơ sở dữ liệu về sinh học tương đối đâỳ đủ, ngoài việc search các trình tự nucleotide, protein, search các bài báo thì NCBI còn có rât nhiều phânf thú vị khác mà chắc chắn là ngay cả tôi và nhiều bạn khác chưa tìm hiểu hết. Tôi lâpj ra chủ đề này với mục đích chúng ta hãy bớt chút thời gian (mỗi ngày một chút) để cùng nhau tìm hiểu và khai thác triệt để những thế mạnh của NCBI.

Toi gui cho moi nguoi mot bai huong dan su dung NCBI Patent database (Source: PIPRA)
File Kèm Theo
File Type: pdf Search NCBI Patent Database.pdf (1.65 MB, 359 lần tải)
Biologist is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 30-08-10, 11:08   #15
Nguyễn Hồng Long
Registered Users
 
Nguyễn Hồng Long's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2006
Đến từ: Hà Nội
Bài gửi: 4
Thanks: 1
Thanked 0 Times in 0 Posts
Cũng liên quan đến Tin sinh trong việc khai thác NCBI này em muốn hỏi:
Em cần search trình tự đoạn 16s của một loại VSV để ứng dụng trong việc thiết kế mồi mà không biết cách tìm thế nao. Các bác chỉ em với
Nguyễn Hồng Long is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 31-08-10, 14:59   #16
nthanh
Thành viên
 
nthanh's Avatar
 
Tham gia ngày: Dec 2009
Bài gửi: 34
Thanks: 42
Thanked 12 Times in 4 Posts
Trích:
Nguyên văn bởi Nguyễn Hồng Long View Post
Cũng liên quan đến Tin sinh trong việc khai thác NCBI này em muốn hỏi:
Em cần search trình tự đoạn 16s của một loại VSV để ứng dụng trong việc thiết kế mồi mà không biết cách tìm thế nao. Các bác chỉ em với

Bạn vào ncbi, chọn nucleotide, đánh từ khóa chính xác : 16s, tên loài chính xác thì sẽ thu được trình tự thôi. xem hướng dẫn của anh David Dang ở trên, nhưng thay vào đó là thiết kế mồi (thay cho blast). còn không thì nếu muốn lấy trình tự thôi thì click vào sequence, hoặc muốn lấy trình tự liền mạch thì click vào FASTA. cứ thử đi, phải mầy mò chứ
nthanh is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 06-10-10, 23:33   #17
Nguyễn Hồng Long
Registered Users
 
Nguyễn Hồng Long's Avatar
 
Tham gia ngày: Nov 2006
Đến từ: Hà Nội
Bài gửi: 4
Thanks: 1
Thanked 0 Times in 0 Posts
Em muốn hỏi thêm. khái niệm về mồi universal ? Phạm vi ứng dụng của nó trong phát hiện đa dạng VSV ? Em cảm ơn ạ
Nguyễn Hồng Long is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Old 27-03-11, 01:34   #18
alexhaond
Thành viên
 
alexhaond's Avatar
 
Tham gia ngày: Mar 2011
Bài gửi: 18
Thanks: 4
Thanked 9 Times in 4 Posts
Để tìm hiều về website CNSH khổng lồ của thế giới - NCBI, các bạn nên tìm mua và đọc quyển "Tin sinh học" bìa xanh da trời - blue của GS. ...., trong tp. Hồ Chí Minh, ~ 30.000 một quyển. it's good!
alexhaond is offline   Trả Lời Với Trích Dẫn
Trả lời

Ðiều Chỉnh
Xếp Bài

Chuyển đến

Similar Threads
Ðề tài Người gửi Chuyên mục Trả lời Bài mới gởi
Các gói công cụ trên NCBI Trương Minh Dũng Tin sinh học 8 11-06-10 21:49
Đố nhau một chút cho vui Trần Hoàng Dũng Làm thí nghiệm với acid nucleic 31 22-05-07 12:33
Sự khác nhau giữa hồng cầu người và hồng cầu gà. Nguyễn Ngọc Huy2 Động vật 4 03-05-07 01:52
Giúp nhau dịch tài liệu Nguyễn Ngọc Lương Ngoại ngữ chuyên ngành 23 02-09-05 16:50
Tiếp tục cãi nhau sv_ngheo Góp ý 16 05-02-05 10:47


vB 3.8.7 Copyright © 2000 - 2014, Jelsoft Enterprises Ltd.